Os X-Men foram fundados pelo telepata Charles Francis Xavier, o professor, para defender seu sonho de "convivência pacífica entre humanos e mutantes", ao mesmo tempo em que, secretamente, defendiam a humanidade dos "mutantes malignos". Assim, desde sua fundação, os X-Men vivem em uma constante batalha, "defendendo um mundo que os teme e odeia".

Xavier abriga os X-Men em sua mansão, sob a fachada de uma "Escola para Jovens Superdotados".. Os primeiros alunos de Charles (os "X-Men Originais") foram: Garota Marvel (Jean Grey),Tempestade(Auroro),Vampira(Vampira),Fera (Henry 'Hank' McCoy), Homem de Gelo (Robert 'Bobby' Drake),Lice-Negra(Kity Great) Ciclope (Scott Summers) e Anjo (Warren Worthington III).

Os primeiros números da revista também introduziram os arqui-inimigos da equipe: Magneto (Erik Magnus Leinsher) e sua Irmandade de Mutantes, composta por Mercúrio (Pietro Maximoff), Feiticeira Escarlate (Wanda Maximoff) - ambos irmãos de sangue e filhos adotivos de Magneto -, Mestre Mental e Groxo. Nesta fase também surgiram inimigos que ainda viriam dar muito trabalho aos "filhos do átomo" (ou nem tanto), como Fanático, Blob e Avalanche.

Em 1969, nos E.U.A., o escritor Roy Thomas e o desenhista Neal Adams rejuvenesceram a franquia e introduziram dois novos personagens, Destrutor (Alex Summers), irmão de Ciclope e Polaris (Lorna Dane).